Durée
25h Th, 15h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 4 crédits | |||
| Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité | 4 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Partim gééralités
Introduction détaillées sur la structure des macromolécules biologiques. Présentation détaillée de la Protein Data Bank et des autres resources lées à la biologie structurale disponibles. Introdution à l'utilisation du logiciel de visualisation de struture Pymol. Introduciton à la modélisation des structure des protéines.
Partim RX
Les différentes étapes requises pour aboutir à l'image d'une biomolécule par la technique de diffraction des RX par des monocristaux seront décrites. Différents exemples, illustrant les relations structure-fonction, seront abordés, en se basant sur l'analyse d'articles de structure.
Partim CryoEM
Nous aborderons les différentes étapes de la détermination d'une structure de protéine par la technique de cryo-microscopie electronique en transmission. Nous décrirons les récentes avancées technologiques ayant permis l'emergence très rapide de cette technique en biologie structurale et aborderons ses avantages et ses limites. Quelques exemples récents de structures illustrant la puissance de la technique seront décris.
Partim RMN
Le cours traite de différents aspects de la biologie structurale pour lesquels la RMN apporte des informations essentielles telles que: Structure en solution, Dynamique, Interractions en tous genre, Repliement des protéines, Protéines intrinséquement désordonées.
Les différents concepts de la RMN ainsi que les techniques sont vues en fonction des différents aspects de la biologie structurale considérés.
Suite à la réforme du Master BBMC à partir de l'année académique 2023-2024, ce cours n'est
accessible qu'à d'éventuels répétants. Il n'y aura pas de cours en présentiel. Les
présentations et notes de l'année 2022-2023 seront accessibles sur Campus et des séances
de questions/réponses seront organisées à la demande des étudiants.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Partim Généralité
Connaissances des acides aminés. Utilisation des resouces de biologie structurale en accès liblre. Utilisation basique du logiciel Pymol pour l'analyse de structures et capacité à obtenir un modèle à partir d'une séquence en acides aminés.
Partim RX
Ce cours donne aux futurs biochimistes les bases nécessaires pour comprendre les principes de détermination de structures 3D par radiocristallographie afin de leur permettre de faire une utilisation objective des modèles cristallographiques.
Partim CryoEM
L'objectif de cette section est de fournir une information permettant aux étudiants de connaître le potentiel de la technique pour la détermination de structures biologiques en vue de son intégration à de futurs projets de recherche.
Partim RMN
Comprendre en quoi la RMN contribue à la compréhension des protéines et leur fonction.
Savoirs et compétences prérequis
Cours de physique de 1er cycle. Connaissances de base en radiocristallographie et connaissance des principes de base des structures de protéines.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Ce cours sera donné sous la forme d'un exposé interactif à l'aide d'une présentation PowerPoint, d'une craie et d'un tableau.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Les leçons seront communiquées en fomrat pdf. Les articles scientifiques, les fichiers PDB et les tutorials y afférant, seront également disponible via la plateforme eCampus.
Livres recommandés :
Biomolecular crystallography: Prainciples, Practice, and Application to sturctural biology
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Explications complémentaires:
L'évaluation se fera sur la base du choix d'un article scientifique en anglais.
L'examen sera oral et se consistera en une présentation sous forme de powerpoint, suivie de questions interactives.
Modalité d'évaluation arrêtée le 9/12/2020 : l'examen oral se déroulera en présentiel
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Contacts
Frédéric Kerff, PhD, Chercheur qualifié FNRS
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Integrated Biological Sciences: from Molecules to Systems / InBioS, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège
Bât. B5A 1/41 , Quartier Agora, allée du six Août 19, 4000 Liège 1, Belgique Tél. ULiège +32 4 3663620
Fax ULiège +32 4 3663772 http://www.cip.ulg.ac.be/ E-mail : fkerff@uliege.be
DAMBLON Christian, PhD, Professeur
Chimie biologique structurale, Molecular Systems / MolSys, Département de chimie (sciences), Université de Liège
Bât. B6C , Quartier Agora, allée du 6 Août 13, 4000 Liège 1, Belgique Tél. ULiège +32 4 3663788
Fax ULiège +32 4 3664577 Email : C.Damblon@uliege.be