Durée
10h Th, 10h TD
Nombre de crédits
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours d'Introduction à la Biologie des Systèmes présente différentes approches de modélisations et de représentations de plusieurs niveaux des systèmes biologiques.
En particulier, les réseaux transcriptomiques, de protéines et métaboliques seront introduits.
Quelques méthodes d'inférence et de validation de ces réseaux à partir des données issues des Nouvelles Générations de méthodes de Séquençage (NGS) seront détaillées.
Les exercices relatifs au cours sont donnés sur ordinateur, principalement en R. A ce stade des études, les bases du language R sont considérées comme acquises.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'objectif de ce cours est de 1)connaître et 2) pouvoir utiliser des méthodes simples d'inférence et d'analyse de systèmes biologiques.
Savoirs et compétences prérequis
Prérequis
- Traitement et Analyse Informatiques de Données Biologiques (i.e. STAT0077 or OCEA0224)
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Le cours est divisé en deux parties, une partie théorique et une partie pratique sur ordinateur dans laquelle les méthodes discutées dans la première partie seront mises en pratique.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Le cours est donné essentiellement en distanciel, à travers des vidéos théoriques, des pages web d'exercices pratiques et des vidéos de résolution d'exercices.
Notre serveur RStudio permet aux étudiants de réaliser leurs exercices en distanciel à l'aide d'un simple navigateur web. Les forums Ecampus permettent des questions-réponses en ligne sur le cours théorique ainsi que sur les exercices pratiques.
Des interros ecampus sont parfois prévues à la fin d'un cours (information détaillée en début d'année ainsi que sur la page web du cours). Ces interros d'année peuvent aider l'étudiant à comprendre les outils d'évaluation et elles peuvent aussi contribuer à la cote finale du cours (aussi spécifié lors du premier cours).
De plus des séances de questions-réponses (en présenciel) sont planifiées à l'horaire du cours afin d'aider au mieux la compréhension de la matière ainsi que ses évaluations.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
The informations pratiques (videos -pdfs -...) sont disponibles à l'adresse web suivante: www.bioinfo.uliege.be/classes/BIOL0021/
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Interrogation(s) hors session
Explications complémentaires:
Les étudiants sont évalués à travers un examen oral, avec des questions théoriques et de réflexions.
Une interro dispensatoire de l'oral avec des questions pratiques, du type exercices d'année peut prendre place pendant l'année. (Les détails organisationnels sont donnés au premier cours).
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Le cours est composé de 5 séances theoriques de 2h suivies chacune de 5 séances pratiques de 2h. Toutes les séances ont lieu en ligne (distanciel) mais des séances de questions-réponses auront lieu dans la salle de Labo B (étage -1) du B22.
Contacts
Prof. Patrick Meyer
Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local 3/03
Campus du Sart-Tilman
Chemin de la Vallée, 4
4000 Liège - Belgique
email: patrick.meyer@uliege.be