Eléments de microbiologie et d'immunologie générale

Durée

15h Th, 5h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Marie-Pierre Hayette, Nathalie Jacobs

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours comprend 2 parties complémentaires: des éléments d'immunologie et des éléments de microbiologie.

Eléments d'immunologie (N.Jacobs)

Le but du cours est de comprendre les mécanismes qui permettent de se défendre contre des pathogènes intrinsèquement ou grâce à la vaccination. Les effets négatifs d'une réponse immunitaire non contrôlée seront également abordés.
 


Eléments de microbiologie (MP. Hayette - K. El Moussaoui)

Ce cours introduit l'étudiant à l'univers invisible des microbes et à leurs rôles essentiels dans notre vie quotidienne: la plupart des microbes sont bénéfiques et protègent notre biosphère, une minorité est responsable de maladies.  Les microorganismes sont ubiquitaires et vivent dans des écosystèmes très variés et complexes. Leurs rôles dans les différents écosystèmes et celui de l'homme qui en agissant sur l'environnement influence l'évolution des microorganismes responsables de maladies émergeantes, sont mis en évidence.

Matière abordée:

Initiation à la complexité et à l'évolution dans le domaine de la microbiologie.  Description des caractéristiques spécifiques des microorganismes aidant à la compréhension du développement de maladies infectieuses et des moyens disponibles pour les contrôler.  Présentation sommaire des 4 grands groupes de microbes: les virus, les bactéries, les champignons et les parasites; les bactéries représentant la forme de vie la plus ancienne, à l'origine de l'évolution des formes de vie que nous connaissons.  Description des principes fondamentaux de la vie microbienne, des caractéristiques des microorganismes, ainsi que leurs interactions avec l'environnement et les autres organismes vivants, en particulier avec l'homme. Notions concernant l'impact des microorganismes sur les différents cycles bio-géochimiques de notre planète, essentiel à toute survie.Description des associations symbiotiques complexes entre les microbes et l'homme: d'une simple colonisation transitoire à l'établissement d'une relation conduisant parfois à la déclaration d'une maladie. Description des principaux facteurs de virulence des microbes et moyens de défense de l'homme. Différenciations entre microorganismes pathogènes et opportunistes.  Présentations de principes des différentes approches du contrôle et prévention des maladies infectieuses: amélioration de l'hygiène, accessibilité à l'eau potable, utilisation d'agents antimicrobiens, immunoprophylaxie, stérilisation, usage d'agents antiseptiques et désinfectants. Présentation de recommandatins de prévention de transmission de certains pathogènes associées aux pratiques sportives. Exposé des risques infectieux associés à la qualité microbiologique des eaux de baignades et moyens de contrôle.
Les travaux pratiques introduisent les notions de biosécurité, les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et les techniques de base utilisées en microbiologie.



Table des matières :

Cours 1 : Introduction : les maladies infectieuses, un défi en 2023

Cours 2 : les présentation des microorganismes : bactéries, champignons et parasites (à l'exception des virus)

Cours 3 : transmission des maladies infectieuses

Cours 4 : méthodes de diagnostic au laboratoire et résistance aux antibiotiques

Cours 5 : Notion d'hygiène + Notion d'antisepsie et de désinfection

Cours 6 : Contrôle microbiologique des eaux de baignade

Cours 7 : Maladies infectieuses : exemple de situations cliniques

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Eléments d'immunologie

Connaître et pouvoir expliquer les concepts généraux de l'immunologie et de la vaccination

Eléments de microbiologie

Au terme de ce cours et des travaux pratiques, les étudiants seront capables:

• d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
• de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
• de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
• de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
• de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
• de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
• de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
• de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
• de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
• d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
• de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
• de restituer et de décrire très brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
• de lire et d'interpréter un rapport de contrôle microbiologique d'eau de baignade  
• de comprendre la nécessité de mettre en place des stratégies d'entretien du matériel sportif commun et de faire respecter des règles d'hygiène de base incontournables pour la prévention de transmission de certains pathogènes.

Savoirs et compétences prérequis

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.
 

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Eléments d'immunologie

Le cours est divisé en 5 leçons en présentiel.

Sur le site eCampus du cours des informations supplémentaires sur l'immunologie sont accessibles

Une leçon de révision du cours (questions-réponses) peut être organisée à la demande des étudiants

Eléments de microbiologie

Ce cours repose principalement sur des cours magistraux et podcasts.  Il est structuré en plusieurs chapitres ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.

Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.

Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés en ligne (COURS PHAR0000-5).  La participation à ces TP est OBLIGATOIRE.  Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme.  
 
Une interrogation sous forme de QCM en ligne est organisée à la fin des séances de travaux pratiques.  La cote de cette interrogation intervient dans la cote de première session.

Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé et du sport, les exercices et démonstrations se rapportent  (1) à la microbiologie clinique et introduisent la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux et (2), aux contrôles microbiologiques de l'environnement et plus particulièrement des eaux de baignade. 

Les séances de travaux pratiques familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains, avec les techniques de base utilisées en microbiologie et avec la lecture interprétative de rapports de contrôle d'eau de baignade.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Cours ex-cathedra présentiel, podcasts et travaux pratiques.  Afin de répondre au prérequis de la microbiologie, les cours commencent par les "éléments d'immunologie", nécessaires à la compréhension des relations hôtes-parasites développées dans la partie "éléments de microbiologie".


Participation de 3 personnes pour l'enseignement:

• N. Jacobs
• MP. Hayette
• K. El Moussaoui

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Eléments d'immunologie

Les PDF des présentations sont publiés en ligne via e-Campus après chaque cours. 

Eléments de microbiologie:

Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires.

Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:

• MIMS' MEDICAL MICROBIOLOGY, Richard Goering et al, 5th Ed.,2012, Elsevier
• INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
• BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
• THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
• MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 8ème Ed,2013, Ed.De Boeck Université

• http://www.microbes-edu.org

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )

Autre : Examen en ligne relatif aux travaux pratiques


Explications complémentaires:

Elément d'immunologie

• Examen écrit sous forme  de questions à choix multiples (QCM)

• Examen écrit en session de janvier et de septembre comportant des questions à choix multiples (QCM).
• Une évaluation des travaux pratiques en ligne se fait après la dernière séance de travaux pratiques.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM).  La cote intervient pour 10% de l'évaluation uniquement pour la session de janvier.

Stage(s)

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Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

Pour assurer une bonne compréhension des matières enseignées, les éléments d'immunologie générale (N.Jacobs) précèdents les éléments de microbiologie (MP. Hayette).

Les questions relatives au cours (partie immunologie) doivent être transmisses via le forum de portail "eCampus".

Pour les travaux pratiques de microbiologie:

• L'organisation des travaux pratiques (en ligne) est assurée par Mme Rosalie Sacheli du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
• La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.

Contacts

MICROBIOLOGIE

Service de Microbiologie clinique
CHU de Liège,
B-23 Sart Tilman, route 688
4000 LIEGE
Belgique

Secrétariat
Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame Stéphanie Wauquier

• Tél.: 00.32.4.323.22.90
• Fax: 00.32.4.366.24.40
• email: Stéphanie.Wauquier@chuliege.be

• mphayette@uliege.be
• kelmoussaoui@uliege.be

• stephanie.wauquier@chuliege.be
  
  

• n.jacobs@ulg.ac.be

Association d'un ou plusieurs MOOCs