Durée
20h Th, 4h Pr, 16h AUTR
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 3 crédits | |||
| Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité | 3 crédits |
Enseignant
Frédéric Bouché, Grégory Fettweis, Patrick Motte, N..., Sandra Ormenese, Loïc Quinton, Damien Sluysmans, Nicolas Thelen, Marc Thiry, Pierre Tocquin, Marianne Voz
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le développement de nouvelles approches d'imagerie a permis de nombreuses avancées importantes dans la compréhension de la physiologie des cellules et des organismes. Elles ont ouvert de nouvelles voies d'investigation et occupent une place toujours plus importante en recherche multidisciplinaire.
L'objectif de cette unité d'enseignement est de décrire divers instruments et techniques d'imagerie très performantes qui permettent d'intégrer les données fonctionnelles acquises au niveau des cellules, des tissus et des organes. Une telle description est donc essentielle pour comprendre leur apport et les futures perspectives de ces approches en pleine évolution.
Ces techniques d'imagerie sont très souvent appliquées à des modèles expérimentaux. Ceux-ci, qu'ils soient animaux ou végétaux ont été sélectionnés pour leurs caractéristiques qui les rendent particulièrement utiles pour l'étude de nombreux aspects de la physiologie cellulaire/moléculaire et du développement.
Cette unité d'enseignement débutera donc par une introduction permettant aux étudiants de se familiariser avec les quelques espèces modèles, animales et végétales, particulièrement intéressantes ainsi que certaines approches de manipulations génétiques qui sont fréquemment utilisées en combinaison avec les techniques d'imagerie développées dans la suite du module. Celles-ci incluent les approches de microscopie électronique, de microscopie à fluorescence, l'imagerie quantitative et dynamique, la microscopie à force atomique et l'imagerie par spectrométrie de masse. Elle se terminera par des notions de bases d'analyse d'images indispensables pour robustes des données issues de ces approches d'imagerie.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant aura :
- compris l'importance des organismes-modèles ainsi que de l'intérêt de certaines manipulations génétiques pour l'étude des processus physiologiques et du développement;
- acquis une vue d'ensemble des instruments d'imagerie et de diverses approches performantes d'imagerie moléculaire et dynamique;
- compris les principes et possibilités de ces techniques, de l'acquisition des image numériques à leur analyse assistée par ordinateur.
Savoirs et compétences prérequis
Sans objet.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- Exposés théoriques
- Démonstrations
- Travaux dirigés
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Cours donné exclusivement en présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Analyse d'images: https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/image_analysis
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
Explications complémentaires:
Examen écrit: questions ouvertes intégratives et QCM.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
- Pour le cours théorique et les travaux dirigés d'analyse d'images, les étudiants doivent se munir de leur ordinateur portable
- Avant le premier cours d'Analyse d'images assistée par ordinateur, les étudiants auront installé le logiciel Fiji sur leur ordinateur en suivant les consignes disponibles sur le site du logiciel (https://fiji.sc).
- Les enseignements se dérouleront sur différents sites (B22, B6, CHU-GIGA), mais par journée entière sur le même site.
Contacts
Coordination du module:
Patrick Motte
Tél : 04/366.38.10
e-mail : patrick.motte[at]uliege.be (Fluorescence et imagerie dynamique)
Liste des co-titulaires?:
- Pierre Tocquin, ptocquin@uliege.be (Analyse d'images)
- Frédéric Bouché, fbouche@uliege.be (Modèles expérimentaux végétaux)
- Marianne Voz, mvoz@uliege.be (Modèles expérimentaux animal)
- Nicolas Thelen, nthelen@uliege.be (Microscopie électronique & applications)
- Marc Thiry, mthiry@uliege.be (Microscopie électronique & applications)
- Damien Sluysmans, damien.sluysmans@uliege.be (Microscopie et force atomique...)
- Loïc Quinton, loic.quinton@uliege.be (Imagerie par spectrométrie de masse)
- Sandra Ormenese, sandra.ormenese@uliege.be (Instruments d'imagerie en fluorescence)
- Grégory Fettweis, gfettweis@uliege.be (Imagerie quantitative et dynamique)