Métabolisme

Durée

40h Th, 10h Pr, 30h AUTR

Nombre de crédits

Enseignant

Pierre Cardol, Christian Damblon, Stéphanie Herkenne, Frédéric Kerff, Sylvie Legrand, Patrick Meyer, N..., Loïc Quinton, Claire Remacle

Coordinateur(s)

Pierre Cardol

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce module abordera le métabolisme énergétique cellulaire sous différents angles (bioénergétique, voies métaboliques, dynamique des organites, métabolomique, visualisation de macromolécules, construction d'un réseau métabolique). 

Ce module visera aussi à aborder de manière transversale une question biologique au travers de la réalisation d'un travail de synthèse en groupe   

 

Table des matières des cours théoriques 

 

Voies métaboliques (P. Cardol, S. Herkenne) 

• Voies métaboliques : catabolisme et anabolisme 
• Notion de contrôle métabolique 

• Notions théoriques et pratiques 

• La théorie chimiosmotique 
• La chaîne de transport d'électrons mitochondriale 
• ATP synthétase, structure et fonction 
• Photosynthèse, de l'absorption d'un photon à la séparation de charges 
• Contrôle respiratoire et photosynthétique 

• Assemblage des complexes respiratoires 
• Assemblage des centres Fe-S et maturation des protéines Fe-S 
• Voies de signalisation redox 

• Spectrométrie de masse et RMN appliqués à l'étude des métabolites 

• Modélisation matricielle de réseaux métaboliques 
• Simulation de réseaux métaboliques et balance des flux 

• Extraction de pigments chlorophylliens et analyse de la composition pigmentaire par HPLC. Analyse de spectres d'absorption de pigments
• Analyse du transport d'électrons photosynthétiques par mesure de la fluorescence variable chlorophyllienne. Imagerie de l'activité photosynthétique. 
• Analyse des mécanismes de photoprotection par mesure des changements de la fluorescence maximale.

• Illustration de concepts théoriques via l'analyse de structures et modèles 3D avec le logiciel PyMOL.
• Les étudiants suivront un scénario défini basé sur plusieurs concepts théoriques vu au cours. Ils seront amenés à consulter les bases de données publiques et utiliser les fonctions principales du logiciel PyMOL pour analyser les structures sélectionnées. Ils utiliseront leur propre PC et le logiciel sera déjà installé lors la BO biologie structurale.

• Réseaux métaboliques (P. Meyer): Exercices pratiques sur ordinateur
• Modélisation matricielle de réseaux métaboliques 

• Périodes 1-4 : Choix du thème, collecte des articles 
• Périodes 5-6 : présentation individuelle des articles (10 min)
• Périodes 7-10 : travail de synthèse
• Périodes 11-14 Présentation d'une synthèse en classe par groupe (15 min + 15 min discussion)

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

• Comprendre (après observations et étude de la littérature adéquate) une question biologique et formuler des interprétations biologiques pertinentes des résultats obtenus. 
• Comprendre en quoi des techniques comme la spectrométrie de masse, la RMN, la fluorimétrie résolue en temps, l'oxymétrie, etc. contribue à la compréhension du métabolisme.

Savoirs et compétences prérequis

• Notions de chimie, physique, et biochimie générale.  
• Notions de programmation avec R.  

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

• Cours théoriques
• Travaux pratiques, travaux dirigés, visite de laboratoire
• Le module se terminera par la présentation des travaux de synthèse en groupe.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

L'enseignement sera organisé selon les modalités suivantes:

• En règle générale, les cours théoriques seront dispensés le matin en présentiel. Sauf mention contraire, ceux-ci se dérouleront du lundi au vendredi de 08h30 à 12h30 (4 périodes de 50 min).

• Les après-midis, dédiés aux travaux pratiques/dirigés, se dérouleront en présentiel de 13h30 à 17h30, sauf une à deux périodes par semaine qui seront dédiées à la préparation du travail de synthèse.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les diaporamas et des articles en rapport avec la thématique du module et avec les exposés du mini-symposium seront mis à disposition des étudiants dans la plateforme eCampus. 

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )


Explications complémentaires:

Examen écrit durant la session de juin (Questions ouvertes et/ou QCM y compris sur les TP) (60% des points)
Autoévaluation du travail de synthèse et de présentation d'une thématique (40% des points) en fin de seconde semaine. 

Stage(s)

Sans objet.

Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

Pour les travaux pratiques et la réalisation du travail de synthèse, les étudiants sont tenus d'amener un ordinateur (ou tablette).
 

Contacts

Coordination du module:

Pierre Cardol 

Tél : 04/366.38.40
e-mail : Pierre.cardol@uliege.be 

Les enseignants sont disponibles pour répondre à vos questions: soit durant les cours/séances de travaux pratiques dispensés dans le cadre de ce module, soit par e-mail (dans les heures de bureau).



Liste des enseignants :

Pierre Cardol (pierre.cardol@uliege.be)
Christian Damblon (C.Damblon@uliege.be) 
Stéphanie Herkenne (sherkenne@uliege.be) 
Frédéric Kerff (fkerff@uliege.be) 
Sylvie Legrand (S.Legrand@uliege.be)
Patrick Meyer (Patrick.Meyer@uliege.be) 
Loïc Quinton (Loic.Quinton@uliege.be) 
Claire Remacle (c.remacle@uliege.be) 

Association d'un ou plusieurs MOOCs

Aucun MOOC n'est associé à ce cours.