Durée
20h Th
Nombre de crédits
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
La génomique est une discipline qui s'intéresse à la biologie du génome. Elle a pour objet l'étude de la structure, du contenu et de l'évolution des génomes, mais aussi l'analyse de l'expression et de la fonction des gènes et protéines. Elle englobe également la description des variations génomiques qui elles-mêmes sous-tendent des variations phénotypiques (par ex. des maladies, des adaptations à un environnement particulier).
Cette discipline est en plein essor grâce à de récentes innovations technologiques (séquençage et génotypage à haut-débit). Elle nécessite l'intégration de nombreux outils permettant la génération de larges jeux de données expérimentales, leur analyse bioinformatique, ainsi que leur présentation dans des bases de données. La génomique permet ainsi d'examiner des questions fondamentales de recherche en biologie, et s'applique également à la recherche biomédicale et à des thématiques environnementales.
Dans ce cadre, le cours de Génomique présentera un aperçu historique de la discipline, depuis ses débuts dans les années 90 jusqu'à la révolution technologique entamée au milieu des années 2000 et toujours en cours aujourd'hui. Les concepts présentés seront illustrés par de nombreux exemples tant en biologie humaine, qu'en biologie animale et végétale. Le cours servira également de lien entre les connaissances de biologie moléculaire et génétique déjà acquises par les étudiants et le cours de Bioinformatique (BIOL0008-1).
Table des matières
Chapitre 1. Qu'est-ce qu'un génome?
1. Contenu d'un génome
2. Cartographie du génome
3. Les projets 'génome'
Chapitre 2. Séquençage d'un génome
1. Stratégies de séquençage et assemblage
2. Technologies de séquençage
3. Annotation du génome
Chapitre 3. Variations génomiques
1. Nature des variations
2. Découverte de SNPs et génotypage
3. Applications de la technologie SNP
Chapitre 4. Génomique comparative
1. Introduction
2. Animaux
3. Plantes
Chapitre 5. Génome et expression génique
1. Le transcriptome
2. Epigénétique et régulation génique
Chapitre 6. 'Omics' et biologie des systèmes
1. Les autres 'Omics'
2. Génomique intégrative
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme du cours, les étudiants auront acquis une bonne compréhension des concepts et méthodes de la génomique, ainsi que les clés leur permettant d'appréhender le rythme soutenu d'innovations et de développements de cette discipline qui occupe de plus en plus de place dans tous les aspects de la biologie.
Savoirs et compétences prérequis
Les notions de génétique et biologie moléculaire acquises à l'issue de la troisième année de Bac en Sciences Biologiques seront en principe suffisantes pour aborder le cours.
Une complémentarité particulière sera assurée avec le cours de Bioinformatique (BIOL0008-1) également dispensé au Master 1 BBMC.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Le cours fera l'objet d'exposés oraux en présentiel (ou via une plateforme en ligne si la situation sanitaire l'impose), avec une participation active des étudiants, via la résolution de petits problèmes, le visionnage et la discussion de courtes vidéos illustratives ou encore la discussion des éventuelles questions éthiques liées aux avancées de la génomique.
L'assistance au cours et la prise de notes complémentaires au support projeté sont vivement encouragées. Les concepts essentiels à maîtriser seront spécifiés au cours.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Suite à la réforme du Master BBMC à partir de l'année académique 2023-2024, ce cours n'est accessible qu'à d'éventuels répétants. Il n'y aura pas de cours en présentiel. Le matériel pédagogique est inchangé par rapport à l'année 2022-2023. Il peut être remis à disposition sur demande. Des séances de questions/réponses seront organisées sur demande.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Le cours s'inspire d'un livre de référence (G. Gibson and S.W. Muse, A primer of Genome Science, 2009, Sinauer Associates, Inc. Publishers) dont la lecture est recommandée. Très bien illustré, ce livre couvre en détails les matières abordées au cours. Il sera accessible aux étudiants après chaque cours et pourra éventuellement faire l'objet d'un achat groupé.
Les autres sources d'information utilisées pour construire le cours sont référencées sur les diapositives, et sont généralement accessibles aux étudiants ULg sur le web.
Par ailleurs, les présentations Powerpoint seront disponibles sur le portail myULg à l'issue de chaque cours.
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Explications complémentaires:
Examen oral, avec préparation écrite préalable, en présentiel. La compréhension des concepts abordés et de leur application, ainsi que la capacité de l'étudiant à intégrer les informations reprises dans les différents chapitres, seront évaluées.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Cours de 90 minutes, organisés au second quadrimestre.
Contacts
Prof. Marc Hanikenne
Institut de Botanique, B22 (Sart-Tilman), local 2.12
Tel. 04/366.38.44
email: marc.hanikenne@uliege.be